Словосочетание «святая святых» в светской речи обычно употребляется в переносном смысле. Оно означает нечто самое сокровенное, к чему далеко не каждый имеет доступ. Так говорят не только о каком-нибудь секретном месте, но и, например, о потаённых сторонах души. Артур Доуэль, главный герой книги А. Беляева «Голова профессора Доуэля», так говорит о профессоре Керне: «Мне известно, что ряд опытов, и самых интересных, он производит на дому. Но он очень замкнутый человек и никого не желает пускать в свое святая святых».
Иное значение — нечто особо почитаемое и неприкосновенное: «Убеждения мои остались при мне… уж это, брат, шалишь, чтобы я за семь тысяч переменил убеждения… Убеждения ― это моя святая святых неприкосновенная» (И. Н. Потапенко, «Не герой», 1891).
Все эти значения восходят к буквальному. В древности это было вполне определенное место, единственное на земле: центральная часть скинии (переносного шатра) пророка Моисея, а затем и Иерусалимского храма — главного места поклонения Богу в Ветхом Завете. Святыня — это предмет или место, особо почитаемое, часто запретное для непосвящённых, и небрежное обращение с ним считается осквернением. «Святая святых» было особенным священным местом: туда входил только первосвященник и только один раз в год.
В других странах существуют подобные выражения с тем же самым смыслом: в английском — Holy of Holies и заимствованное из латыни Sanctum Sanctorum, в немецком — Allerheiligstes. Название Sancta Sanctorum носит личная капелла римских пап в Латеранском дворце Рима.
Ветхозаветный пророк Моисей не сам изобрёл скинию — переносной шатер, в котором израильтяне служили Богу. Бог рассказал ему, каким должен быть кочевой храм древних евреев:
И повесь завесу на крючках и внеси туда за завесу