Со времен Крещения Руси до конца XIII века резиденция глав Русской Церкви находилась почти все время в Киеве. Однако после нашествия Батыя в 1240 году великий город надолго запустел. Митрополит Максим избрал новой резиденцией Владимир-на-Клязьме. К сожалению, и этот прежде богатый столичный центр сильно пострадал от ордынцев. В начале XIV века митрополит Петр, после некоторых колебаний, вновь перенес резиденцию — на сей раз в Москву. Память святителя Петра празднуется 6 сентября.
Митрополит Петр находился в добрых отношениях с московским князем Иваном Калитой. Святитель скончался в 1325 году и был погребен в строящемся Успенском соборе Московского кремля. Место захоронения он избрал себе сам. Это событие стало символическим переносом митрополичьей резиденции из Владимира в Москву.
В детские годы московского князя Дмитрия Донского митрополит Алексий возглавлял боярское правительство, и его голос был решающим в державных делах.
В середине XV века Московская митрополия обрела «автокефалию», то есть независимость от Константинопольского патриарха. Митрополит Исидор, сторонник унии с католичеством, вынужден был бежать из Москвы. На его место собор русских архиереев избрал митрополитом Иону.
В судьбе Московской митрополии нередко случалось так, что властный государь оказывал на нее давление, пытаясь ограничить духовную независимость Церкви. Но гораздо хуже бывало, когда правитель, по слабости своей, не мог контролировать самовластную аристократию. Она вмешивалась в дела Церкви с жестокостью и корыстью. Так, в детские годы Ивана IV знать свергала одних митрополитов и ставила других, не считаясь с величием их духовного сана.
В середине XVI века митрополит Макарий, большой духовный писатель, провел нашу Церковь через большие